Del Capitolo medievale é rimasta la struttura a nove campate e traccie di archi a muro; tutto il resto fu ristrutturato varie volte. Nel XV secolo vi operò il Bramante, ornando la parete nord di tre graffiti con vedute di Milano. Alla sala del Capitolo si accede dal lato est del Chiostro, attraverso un portale romanico, esso è il luogo più sacro dopo la chiesa.Le finestre quadrate sono dovute al rifacimento rinascimentale, sopra le originali ad arco a tutto sesto.